Laporan Tahunan the Wahid Institute (WI) berisi informasi, data, dan analisis mengenai kasus-kasus pelanggaran yang dilakukan negara (state) dan non-negara (non-state) di Indonesia. Laporan ini juga berisi hasil pemantauan peraturan perundang-undangan dan berbagai kebijakan terkait kebebasan beragama.

Laporan ini dilakukan secara reguler sejak tahun 2008. Selain sebagai pertanggungjawaban WI terhadap program pemantauan yang selama ini dilakukan, laporan ini juga sebagai instrumen diseminasi gagasan toleransi dan jaminan terhadap kebebasan beragama di Indonesia.

Laporan ini juga bertujuan melakukan evaluasi terhadap jaminan hak-hak beragama di Tanah Air sekaligus memberi alternatif penyelesaian baik bagi pemerintah maupun masyarakat.

Hasil pemantauan ini diperoleh dari pemantauan media, wawancara, dan investigasi di tingkat nasional dan daerah. Di daerah, WI bermitra dengan sejumlah kontributor di berbagai daerah seperti CMARS Surabaya, ELSA Semarang, LAPAR Makassar, Lensa NTB, Incres Bandung dan jaringan di beberapa daerah lain. Hasil pemantauan ini juga didiskusikan dengan para ahli.