Wahid Foundation menawarkan inisiatif Sekolah Damai sebagai bagian dari intervensi strategis yang mengedepankan metode partisipatif, kolaboratif dan kreatif dalam mengatasi gejala intoleransi dan pencegahan ekstremisme kekerasan di lingkungan pendidikan.

Sekolah Damai pertama kali diluncurkan tahun 2017 dimulai dari 20 pilot Sekolah Damai pertama di Jawa Barat, Jawa Timur, Jawa Tengah, hingga DKI Jakarta. Program ini bertujuan menciptakan lingkungan sekolah yang mampu membentuk guru, peserta didik dan warga sekolah secara keseluruhan menyerap dan menerapkan nilai harmoni, inklusivitas, kerukunan dan perdamaian berlandaskan 9 nilai utama Gus Dur, hak asasi manusia dan prinsip kebhinekaan.

Sekolah Damai merumuskan tiga pilar utama yang dijadikan indikator capaian toleransi dan perdamaian di sekolah, yaitu pilar kebijakan, pilar toleransi dan perdamaian, pilar pengelolaan organisasi kesiswaan. Implementasi dari pilar ini terangkum dalam intervensi program mentoring, training dan workshop seperti Muslim Youth Leader Forum (MYLF), Muslimah for Change (MFC), Muslim Leadership Exploration and Development (MLEAD), Workshop Pengembangan Budaya Inklusif untuk guru dan kepala sekolah.

Pada tahun 2022, Inisiatif Sekolah Damai diperluas melalui kerja sama dengan Pemerintah Provinsi Jawa Tengah di seluruh wilayah di Provinsi Jawa Tengah melalui Rencana Aksi Provinsi tentang Peraturan Daerah Nomor 35 Tahun 2022 tentang Pencegahan dan Penanggulangan Ekstremisme Berbasis Kekerasan yang Mengarah pada Terorisme di Provinsi Jawa Tengah.

Hingga saat ini, sebanyak 135 Sekolah Menengah Atas dan Kejuruan Negeri, 135 guru Pendidikan Agama Islam (PAI), 180 Rohaniawan Islam (Rohis), dan 5750 peserta didik telah terlibat dalam program-program Sekolah Damai.